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对于已经公布全基因组序列的物种，可以在得到全序列后构建本地建库并进行本地检索；对于未进行全基因组测序的物种，可以采用近缘物种的数据库或者EST数据以及转录组数据进行检索。

根iTRAQ以及TMT等标记定量蛋白质组技术分辨率高，细胞样品最多可鉴定超过6000个蛋白，并且绝大多数蛋白都有定量和定性信息；其次是通量高，可以一次最多完成8个（iTRAQ）或者10个（TMT）样品的实验，特别适合于多组样品间的同时比较以及生物学过程的动态检测。

由于混合样本是所有样品的等量混合，它包括所有样品的蛋白信息，其性质介于所有样品之间。可以视其为基准，其他样品和混合样之间的相对定量就可以视为某个蛋白样品的表达量，有利于直接查看蛋白在不同样品之间表达量的趋势变化和方便后续分析。

主要的分析包括基于统计的主成分分析、聚类分析、表达模式挖掘等，另外还包括基于生物学意义的GO功能分析，COG功能分析、Pathway代谢通路富集、蛋白互作、转录因子预测、代谢物功能回溯、相关模型和网络构建等深入分析。