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代谢组学常见问题(三):样本基础知识篇

发布日期:2020.03.24 浏览次数(226)

图片关键词

01

什么类型的样本更适合,样本采集需要注意什么?

绝大多数可以可靠收集的生物样本都适用于代谢组学研究。常见的样本主要有:临床和动物的血清、血浆、尿液、粪便、各类组织、体液;细胞和微生物、培养液和发酵液;植物的根、茎、叶、花等。
代谢每时每刻都在发生变化,我们需要研究的是某个或多个瞬时状态,因此样本采集一般需要保证“快速、一致、简单”的,采集后通过低温淬灭(如液氮淬灭或超低温冻存等)的方法阻止离体后的样本的代谢活动。另外,不同的检测要求也需要配合不同的收集方法,具体步骤请参照谱领生物样本收集步骤文件。

02

需要多少的生物学重复?

生物学重复指的是相同处理的相同类型的生物样本的数量(如相同剂量给药后2小时的小鼠采集并且相同储存条件和处理方法血清样本)。
相较于基因和蛋白,代谢物处于生命活动的下游,收到环境和遗传背景等因素影响较大,生物学重复少可能会放大组内差异对于整体差异的影响,进而影响最终结果(如准确和足够多的找出生物标志物)。因此根据不同的生物类型,需要不同的生物学重复来增加数据的可靠性和说服力。一般情况,不同类型的样本生物学重复如下:

表格3.png

更加准确的信息可联系谱领技术支持获取。


03

样品收集方法及所需样本量是什么?

根据不同的检测要求,需要配合不同的样本量和样本采集方法,常规的方法和单个样本量如下:
(1)     微生物和细胞样本:细胞迅速猝灭细胞并冷冻保存;单个样本细胞数量要求10^6。
(2)     动物体液(如尿、血、组织、器官、唾液):采样后要迅速预处理,如加入抗凝血剂、防腐剂,并立即冷冻处理(-80 ℃);单个样本要求体积为10μL。
(3)     植物样本:采集后迅速冷冻(液氮),然后转入-80℃保存,单个样本要求质量为50mg;
(4)     血清样品: 避免反复冻融。血液收集在离心管中静置30分钟进行凝血。8000rpm离心10分钟,取上清分装到冻存管中,放置液氮中或-80度冻存;单个样本要求体积为50μL。
(5)     尿液样品:临床样本请全部取清晨第一次尿液。尿液直接分装到离心管中,8000rpm离心10分钟,取上清分装到冻存管中,放置液氮中或-80度冻存,-80度冻存;单个样本要求体积为100μL。
(6)     其他样本收集办法请咨询谱领工作人员。

04

如何控制临床样本的质量?

对于临床的样本建议每组最低25个生物学重复,达到30例以上最佳。
因为临床样本受外界环境和遗传背景影响较大,需要很多生物学重复来消除这些外在影响。此外,在样本收集过程中,应保持收养的时间段和操作程序尽可能一致。

END

下一节,我们继续讲解代谢组学实验方案相关的基础知识。

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