转录组测序

转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。

转录组测序 

转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。


  服  务  优  势  

♕ 无便向性,适用于各类型样本;

♕ 不局限于模式物种,可研究非模式物种,针对不同平台的数据,制定多套定制化流程;

♕ 整合多个转录组相关数据库,从本质上提高后期分析的广度和精度;

♕ 个性化定制分析,让您的文章脱颖而出。



测序分类


单细胞转录组测序;

全转录组测序;

mRNA测序;

microRNA测序;

lncRNA测序;

circRNA测序;

RNA相对表达量qPCR检测。


  服  务  流  程 

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客户样本:total RNA≥1.0μg(人或小鼠≥100ng);

文库构建、上机测序:6Gb、8Gb、10Gb、12Gb clean data;

数据过滤、质控:过滤掉低质量的reads、过滤掉含接头的reads、过滤掉含n多的reads;

参考基因组比对:与参考基因组进行Mapping,既可研究已知基因,亦能发掘新基因。



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样本量要求


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技术参数


检测平台:hiseq4000.jpg

全基因组测序采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。

合作伙伴的高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。


测序深度:

PE 150


服务周期

15~22个工作日


服务内容



基因结构水平分析基因表达水平分析
与参考基因组比对基因表达水平分析
新转录本预测差异基因分析
可变剪切分析GO/KEGG富集分析
SNP分析蛋白互作网络分析
InDel分析转录因子注释


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结果展示


数据质控

 

参考序列比对


 

差异基因表达分析

 

RNA-seq相关性分析


差异基因表达分析

 

差异基因表达筛选及聚类分析


 

差异基因GO富集分析

 





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 典 型 案 例  

水稻根系响应氧化石墨烯纳米片的应激反应与恢复模式

Systemic Stress and Recovery Patterns of Rice Roots in Response to Graphene Oxide Nanosheets

期刊:Environmental Science & Technology
影响因子:5.393
发表单位:南开大学
发表时间:2017.02



研究背景


氧化石墨烯(GO)是一种 2D 工程材料,已经被广泛应用于各个领域,包括生物学、医学、化学、环境保护。大部分纳米材料在使用过程中被释放到环境中,因此,纳米材料潜在的环境风 险已引起越来越多的关注。研究表明,0.1−10 mg/L 的 GO 可诱导绿色藻类细胞结构损伤、氧化作用和代谢紊乱;5−500 mg/L 的 GO 将抑制水稻生长。目前,大多数研究都仅限于对 纳米颗粒的生物应激反应,而应激恢复相关的信息在很大程度上是未知的。



研究过程



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研究结果



1. 水稻根系的应激与恢复模式

KEGG 富集分析表明,S1 组下调表达的基因主要富集在苯丙氨酸代谢 和苯丙素的生物合成途径等代谢通路中。S2 组上调基因参与到次生代 谢和二萜类化合物的生物合成途径中。该结果表明,处理后的恢复过 程增强了水稻抗性(图1b)。蛋白互作网络分析表明,GO 处理组中下调 表达的基因与苯丙氨酸、次生代谢相关;上调表达基因与次生代谢相关 (图1d)。因此,GO 处理可促进次生代谢。苯丙氨酸代谢、次生代谢途 径的改变,过氧化物酶相关的差异表达基因,均参与了水稻根系响应 GO 的应激反应与恢复机制。

2. GO降低根系的吸收能力

TIP1−2 等水通道蛋白相关基因在 S1 组中下调表达,在 S2 组中恢复到对照组水平,这一结果与 GO 降低水稻根 系水吸收能力的结果一致。蛋白互作分析表明,硼转运 蛋白、海藻糖-6-磷酸合成酶基因的下调表达,与水通道 蛋白相关基因下调表达相关。

3. 根系吸收 GO 引起的氧化胁迫

生理实验表明,S1 组水稻侧根生长受到抑制,S2 组 水稻根系数量恢复到正常水平。同时,编码侧根蛋白 1 的 基因(OS06G0712600)下调表达,抑制侧根生长 的色氨酸合成酶β链编码基因上调表达,萌发素类蛋 白编码 (GER6)等促进主根生长的基因上调表达。

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研究结论


本研究结果表明GO影响了水稻表达谱,进而影响了氧化胁迫、根系发育、细胞壁合成、激素代谢过程。水稻根系对GO处理的响应和适应过程是通过苯丙氨酸代谢、次级代谢、激素代 谢、过氧化物酶活性调节等因素共同实现的。本实验研究了纳米材料对植物生长发育的影响,揭示了植物对纳米材料适应性的分子机制,对纳米材料的安全性评估具有重大意义。



参考文献


  • QX Zhou, HG Hu, et al. Systemic Stress and Recovery Patterns of Rice Roots in Response to Graphene Oxide Nanosheets. Environmental Science & Technology , 2017. 



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