表观组测序

表观组测序 

ChIP-Seq是将染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序相结合的表观遗传研究技术,能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。



我们的优势


定制化分析策略:根据不同测序方案和测序目标,定制化选择比对算法、Peak Calling算法以及注释用数据库区域信息;便向性,适用于各类型样本;

拥有定位注释系统以及一系列精准的下游分析工具;

全面的数据库整合:不断更新基因组数据库并进行多数据库多版本整合,获得准确的Peak定位信息与注释;

强大的组学联合分析能力:将ChIP-Seq与甲基化测序、转录组测序以及全基因组测序等技术进行结合,将单一的蛋白结合数据更进一步拓展。



样本量要求


图片关键词



测序分类


全基因组甲基化测序;

开发染色体定位检测(ATAC-seq);

ChIP-seq;

RIP-seq;

MeRIP-seq;

RRBS.



实验流程


  1. 细胞交联固定:甲醛处理细胞,将目标蛋白与染色质连结起来;

  2. DNA超声打断:将基因组DNA打断至100-500bp;

  3. 免疫共沉淀:添加与目标蛋白特异性结合的抗体,形成免疫沉淀复合物;

  4. DNA片段回收:去交联,纯化DNA;

  5. 文库构建:PCR扩增构建文库;

  6. 上机测序:建议使用Hiseq或NovaSeq测序平台,数据量6Gb。



文献案例


  • Twohig JP, Cardus Figueras A, Andrews R, et al. Activation of naïve CD4+ T cells re-tunes STAT1 signaling to deliver unique cytokine responses in memory CD4+ T cells. Nat Immunol. 2019 Apr;20(4):458-470. 

  • Mirtschink P, Bischof C, Pham MD, et al. Inhibition of the HIF1α-Induced Cardiospecific HERNA1 eRNA Protects from Heart Disease. Circulation. 2019 Mar 29.



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