基因组重测序（Re-Sequencing）是对已知基因组序列信息的个体进行测序，可在此基础上对个体或群体进行基因型差异性分析。基因组重测序主要用于辅助研究者发现大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）、插入缺失（InDel，insrtion/Deletion）等变异位点，以高效准确获得生物群体的遗传特征，并方便进行全基因组关联性分析（GWAS），在人类疾病和动植物育种研究等方面意义重大。
服 务 优 势
♕ 重测序分析加速：使用从任务投递、数据切分到容器多线程的三重调度加速框架，最终实现了重测序分析的大幅度加速，4小时即可完成一个样本的人类重测序分析，较传统的分析方法（68-92小时）提高了十多倍速度；
♕ 定制化分析策略：根据不同测序物种和测序方案，定制化选择参考基因组版本、比对算法和注释用数据库区域信息等；
♕ 全面的数据库整合：不断更新基因组数据库并进行多数据库多版本整合，获得准确的基因信息与注释；
♕ 强大的组学联合分析能力：将基因组重测序与转录组测序和甲基化测序等技术进行结合，将单一的基因变异数据进一步拓展。
全基因组测序（二代、三代）；
全外显子测序；
目标区域测序；
单细胞基因组测序；
人线粒体测序。
服 务 流 程
客户样本：新鲜培养细胞数≥4×106个；
提取基因组DNA：DNA总量≥2μg；
DNA质控：Agilent 2200质检合格，DNA样本主峰范围在100-500bp；
文库构建：随机引物PCR扩增；
上机测序：测序数据量达到50X覆盖深度，不同物种间存在差异，人一般达到30X。
检测平台：
全基因组测序采用先进的Illumina测序平台，快速、高效地读取高质量的测序数据。
合作伙伴的高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，实现快速稳定的测序数据分析及交付。
测序深度：
肿瘤：癌组织50X，癌旁组织/血液样品30X
遗传病等其他样品：30X~50X
服务周期：
15~22个工作日
全基因组重测序通过对个体进行全基因组测序，全面解读基因组上的变异信息，预测该变异信息与疾病的关联性。
| 疾病基因组学 | |||
| 标准信息分析 | 高级信息分析（单基因病） | 高级信息分析（复杂疾病） | 个性化分析 |
1.数据质控：去除接头污染和低质量数据 | （一）基于变异有害性的筛选 | （一）基于变异有害性的筛选 | 1. 药物效应多态性的遗传学机理研究 |
| 癌症基因组学 | |||
| 基本信息分析 A | 基本信息分析 A+ | 高级信息分析 | 个性化分析 |
1. 数据质控 : 去除接头污染和低质量数据 | 基本信息分析 A 基础上增加5项分析内容 : | 1. MRT 高频突变基因相关性分析 | 1. 肿瘤进化树分析 |
与参考基因组比对
变异检测和注释
基因功能分析
典 型 案 例
肌动蛋白功能丧失变异与早发性心房颤动之间的关联
Association between titin loss-of-function variants and early-onset atrial fibrillation
期刊：JAMA
影响因子：51.273
发表单位：The Broad Institute of MIT and Harvard, US
发表时间：2018.12
心房颤动（Atrial Fibrillation，AF）是最常见的持续性心律失常。发病率随年龄增长而增加，75岁人群患病率约为10%，全年龄段人群患病率约为1%。发生房颤时，心房会丧失收缩功能，血液在心房内瘀滞从而形成血栓，易造成脑梗塞、心力衰竭、脑卒中等严重后果，但病因仍未完全了解。在较为年轻（＜66岁）的AF患者中，遗传性因素往往在致病因素中占据了更为主导的地位，因此在早发性 AF 患者中进行了大规模、深度覆盖的全基因组测序。
对7740个病例对照样本进行了全基因组测序，共检测出超过9800万个突变。在这些突变中，选择次等位基因频率（MAF）≥1% 的8248975个常见突变进行case-control样本的关联分析。结果显示，在全基因组范围内，共发现了7个基因座内的突变与早发性AF呈现显著相关，其中有6个为已报道的基因座，包括PITX2、PRRX1、NEURL1、ZFHX3、KCNN3、SOX5，还有一个为新发现的NAV2。
NAV2中关联性最强的变体 rs2625322 位于neuron navigator 2基因的内含子中（MAF= 21.3％；OR，1.32；95％CI，1.21~1.44；P=1.46×10 -8 ）
在NAV2基因座中，根据之前报道的25个关联位点进行了LOF突变（loss of function，功能缺失性突变）鉴定，结果显示肌节蛋白的编码基因 TTN 的罕见变异与 AF 有关。
在去除了705个发生 AF 前已经发生过心力衰竭的 Cases 后，在剩余的2047例 AF 患者中，有44例在 TTN 中存在至少一种罕见的LOF 突变，频率为2.1%，而对照组中仅为1.1%（CI，1.04~2.97；P = 3.42×10 -2 ）
对 AF 的发病年龄段以及 AF 患者携带 TTN 的 LOF 突变率进行统计，发现 TTN LOF 突变的增加与 AF 患病年龄呈现负相关，也是就说 TTN LOF 突变会导致个体更早地患上 AF。
Titin 是人体中最大的蛋白质，对正常心肌功能至关重要。该研究发现了 TTN 中的 LOF 突变与早发性 AF 之间存在关联，为今后的 AF 发病机制研究打开了新的思路。
Choi S H, Weng L C, Roselli C, et al. Association Between Titin Loss-of-Function Variants and Early-Onset AtrialFibrillation[J]. JAMA, 2018, 320(22): 2354-2364.
